Кафедра алтайских языков и методики их преподавания была создана в 1990 году. Первым ее заведующим стал выдающийся ученый, человек широко известный в тюркологии и алтаистике, главный научный сотрудник Института лингвистических исследований Российской академии наук, автора множества известных во всем мире трудов в области тюркского и алтайского языкознания, доктор филологических наук, профессор Щербак Александр Михайлович.

Как заведующий кафедрой А.М. Щербак много усилий прилагал организации и оптимизации учебного процесса. При нем кафедра осуществляла преподавание эвенкийского, эвенского, нанайского, удэгейского, ульчского, долганского языков. На кафедре работали доценты Н.И. Гладкова (эвенский, эвенкийский языки), Л.И. Сем (удэгейский, ульский языки), Н.М. Артемьев (долгаснский язык), А.А. Петров (долганский, эвенский языки); старший преподаватель Ю.Д. Сверчкова; ассистенты Л.Ж. Заксор (нанайский язык), В.С. Элрика (эвенский язык). Определенный период времени преподавателями работали А.А. Бурыкин (ныне доктор филологических наук), доцент Н.Я. Булатова.

А.М. Щербак большое внимание уделял и организации научной деятельности кафедры. Практиковались совместные  заседания сотрудников кафедры и алтайского отдела ИЛИ РАН, так как он также был заведующим этим отделом. Проводились совместные научные конференции по тунгусо-маньчжуроведению с привлечением российских ученых-тунгусоведов.

С 1996 по 2003 год кафедрой руководил доктор филологических наук, профессор А.А. Петров, одновременно являясь с 1998 года деканом, а затем директором института народов Севера.

На кафедре продолжали работать известные ученые-тунгусоведы, ветераны педагогического труда Л.И. Сем и Н.И. Гладкова. Их научные труды составляют золотой фонд отечественного североведения. В это время (1996 – 1999 гг.) к преподавательской деятельности привлекался на кафедру крупный ученый, доктор филологических наук, профессор И.В. Недялков (эвенкийский язык).

В 2001 году доцент Н.М. Артемьев на специализированном Совете при институте народов Севера защитил докторскую диссертацию на тему: «Долганский язык: структурно-семантический сравнительный анализ».

С 2003 года заведующим кафедрой является доктор филологических наук, профессор Н.М. Артемьев.

В настоящее время на кафедре работают девять преподавателей, среди которых три профессора (Н.М. Артемьев, А.А. Петров, И.В. Недялков), три доцента (Т.С. Назмутдинова, Л.Ж. Заксор, ЮД. Сверчкова), три ассистента (Е.Е. Беглова, Э.В. Иванова, Ж.П. Спиридонова). Кафедра обеспечивает преподавание следующих языков алтайской языковой семьи: эвенкийского, эвенского, нанайского, ульчского, орокского, удэгейского(тунгусо-маньчжурские); долганского (тюркский).

Кафедра гордится своими ветеранами, отдавшим много лет жизни педагогической и научной деятельности на факультете народов Крайнего Севера и в институте народов Севера, к.ф.н., проф. Н.И. Гладковой, к.ф.н., доц. Л.С. Сем, доцентом Ю.Д. Сверчковой, а также преподавателями д.ф.н., проф. Н.М. Артемьевым, д.ф.н., проф. А.А. Петровым, к.ф.н., доц. Л.Ж. Заксор.

Все преподаватели, кроме учебной работы, активно занимаются научной и методической деятельностью. Они авторы известных научных трудов по изучаемым языкам, а также учебно-методических комплексов для школ, ССУЗ-ов и ВУЗ-ов.

Преподаватели кафедры активные участники конференций в различных научных и образовательных учреждениях: ИЛИ РАН, СПбГУ, РГПУ им. А.И. Герцена и др.

В 2005 году защищены кандидатские диссертации асс. Л.Ж. Заксор на тему: «Способы номинации растений в нанайском языке» и асс. Т.С. Назмутдиновой (Федоровой ) на тему: «Синтаксическая интерференция в речи долгано-русских билингвов (на материале словосочетания)».

Преподаватели кафедры сотрудничают в области учебно-методической и научно-исследовательской деятельности с различными научно-образовательными учреждениями Севера, Сибири и Дальнего Востока: Институтом проблем малочисленных народов Севера СО РАН, Якутским государственным университетом им. М.К. Аммосова, Хабаровским государственным педагогическим университетом, Бурятским государственным университетом, Институтом гуманитарных исследований АН Республики Саха; в Санкт – Петербурге с ИЛИ РАН, кафедрой тюркской филологии СПбГУ и др. Кафедра сотрудничает в области изучения языков алтайской общности с учеными Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Якутска, Улан-Удэ, Дудинки и др., а также с зарубежными исследователями.

В настоящее время на кафедре укомплектован штат преподавателей, способных обеспечить преподавание и научное изучение семи языков. На кафедре сбалансирован возрастной показатель: продолжают трудиться преподаватели с большим опытом педагогической и научной деятельности, воспитательной работы со студентами, рядом с ними работают молодые преподаватели с перспективой дальнейшего совершенствования в научно-педагогической области.

Кафедра достойно оснащена материальной базой. На сегодняшний день приоритетным направлением работы кафедры является создание современных мультимедийных учебных пособий по преподаваемым языкам.

Дальнейшее развитие кафедры связано, в первую очередь, с работой по повышению качества научного и методического обеспечения учебного процесса, в целом с планом развития института народов Севера в условиях многоуровневой системы образования, с развитием форм интеграции в единое научно-образовательное пространство регионов Севера, Сибири и Дальнего Востока РФ.